Подобное заявление подал и А. П. Чехов, к которому Короленко в мае 1902 года ездил в Ялту для обсуждения вопроса о совместных действиях в связи с репрессиями против Горького.
С 1899 по 1904 год появляются рассказы Короленко: «Марусина заимка», «Смиренные», «Мороз», «Огоньки», «Государевы ямщики», «Не страшное», «Мгновение», «Феодалы» и другие. В эти годы Короленко снова возвращается к сибирской теме и создает целый ряд значительных художественных характеристик. По сравнению с первым циклом сибирских рассказов, где внимание писателя было сосредоточено преимущественно на какой-либо одной стороне характера героя, в этих своих произведениях Короленко делает дальнейший шаг на пути реалистического изображения действительности. Во втором цикле сибирских рассказов расширяется диапазон драматического конфликта, образ получает более всестороннее и глубокое освещение. Прославление активного отношения к жизни, призыв к борьбе с социальным гнетом, феодальными репрессиями и полицейским произволом составляют основное содержание и других произведений этого периода деятельности Короленко.
В рассказе «Смиренные» Короленко взволнованно пишет о жизни деревни, в которой могут быть такие факты, как «человек на цепи». Здесь разоблачается обывательское благодушие, общественный индиферентизм, мещанское смирение. С еще большей остротой эта тема развита в рассказе «Не страшное». Герой рассказа Будников, в прошлом человек «с идеями», радикал, превращается в стяжателя. Он отходит от общественных задач, душа его «выдохлась и опустела»; по мысли автора, страшное — в «не страшном», в терпимом отношении к обывательским формам быта, делающим самое существование человека бессмысленным и мерзким. «Да, есть, — пишет Короленко, — в этом обыденном, в этой смиренной и спокойной на вид жизни благодатных уголков свой ужас… специфический, так сказать, не сразу заметный, серый… Где тут, собственно, злодеи, где жертвы, где правая сторона, где неправая?.. И так хочется, чтобы проник в этот туман хоть луч правды живой». «Не страшное» по силе разоблачения буржуазной интеллигенции, яркости типов, по мастерству сюжета может быть отнесен к числу лучших рассказов Короленко. Напечатанный в 1903 году, рассказ говорил о приближении бури, без которой невозможно дальнейшее развитие общества.
В произведениях, появившихся перед революцией 1905 года, Короленко рисует тяжелую жизнь людей подневольного труда, обличает полицейский произвол и крепостнический режим самодержавного строя. Знаменательно при этом, что писатель-гуманист, рассказывая о тяжелой жизни народа, неизменно продолжает верить в его победу.
С предельной ясностью это выражено в миниатюре «Огоньки»: «…жизнь течет все в тех же угрюмых берег, — пишет Короленко, — а огни еще далеко. И опять приходится налегать на весла… Но все-таки… все-таки впереди — огни!» Эти слова Короленко в ту пору были восприняты как открытый призыв к борьбе с царизмом и реакцией во имя грядущего освобождения народа.
В момент общественного подъема, в годы, непосредственно предшествующие первой русской революции, усилия Короленко как писателя и общественного деятеля направляются на борьбу с охранителями самодержавия. В революционный год он печатает статью, разоблачающую провокаторскую деятельность попа Гапона и Зубатова, их намерение «запрячь молодое рабочее движение в полицейскую колесницу».
В 1906 году над писателем нависла новая угроза административных репрессий.
В декабре 1905 года полицейский карательный отряд под начальством Филонова учинил кровавую расправу над крестьянами села Сорочинцы Полтавской губернии. Короленко выступил в газете «Полтавщина» с «Открытым письмом», в котором требовал немедленного суда над Филоновым. Через несколько дней после опубликования этого письма Филонов был убит выстрелом из револьвера. Никакой прямой связи между выступлением Короленко и убийством Филонова не было, но черносотенная печать тут же начала дикую травлю писателя, обвиняя его «в подстрекательстве к убийству». Газеты «Киевлянин» и «Полтавский вестник» поместили злопыхательские статейки с прямыми угрозами по адресу Короленко. Прямолинейные, резкие ответы писателя на все провокационные выпады черносотенной печати составили цикл очерков, известных под названием «Сорочинская трагедия».
Не оставляет Короленко разносторонней деятельности и в годы реакции после поражения революции 1905 года. Об его книге «Бытовое явление», которая немедленно подверглась запрету властей, Лев Толстой писал: «Ее надо перепечатать и распространять в миллионах экземпляров. Никакие думские речи, никакие трактаты, никакие драмы, романы не произведут одной тысячной доли того благотворного действия, какое должна произвести эта статья». Материалом для «Бытового явления» послужили реальные факты «правительственной оргии» казней, расстрелов и полицейских издевательств после поражения первой русской революции.
В 1911 году в очерке, иронически названном «В успокоенной деревне», Короленко рассказал о бесчинствах царской полиции. В то время в правительственных газетах нередко можно было встретить выражения: «успокоенная деревня», «тишина в деревне». Царское правительство заверяло, будто после революции 1905 года «деревня успокоилась» и экономическое положение крестьян улучшилось. На самом деле правительство предоставило еще большую возможность деревенским кулакам эксплуатировать бедноту, и «успокоение» было достигнуто путем кровавых расправ жандармов над крестьянами. В годы между двумя революциями Короленко большое внимание уделяет публицистике, которая, как и вся его литературная деятельность, — одно из наиболее ярких проявлений борьбы передовых, прогрессивных сил русского общества против реакции и самодержавного произвола.